Estructura Orgánica,

Subsecretario de Pesca y Acuicultura
- Gabinete
- Unidad de Auditoría Interna
- Unidad de Planificación y Control de Gestión
- División de Desarrollo Pesquero
  - Departamento Coordinación Pesquera
    - Unidad de Asuntos Indígenas
  - Departamento Análisis Sectorial
  - Unidad de Asuntos Internacionales
  - Unidad de Innovación y Desarrollo
- División Jurídica
- División de Administración Pesquera
  - Departamento de Pesquerías
    - Unidad de Pesquerías Pelágicas
    - Unidad de Pesquerías Demersales
    - Unidad de Recursos Bentónicos
    - Unidad de Crustáceos
    - Unidad de Conservación y Biodiversidad
    - Unidad de Pesquerías de Aguas Profundas
    - Unidad de Recursos Altamente Migratorios
    - Unidad de Trámites Pesca Extractiva
- División de Acuicultura
  - Unidad de Asuntos Ambientales
  - Unidad de Ordenamiento Territorial
  - Unidad de Asuntos Sanitarios y Plagas
  - Unidad de Trámites Sectoriales
  - Unidad de Gestión y Políticas
- Departamento de Difusión y Cooperación Pesquera
  - Sistema Integral de Atención Ciudadana (SIAC)
- Departamento Administrativo
  - Unidad de Recursos Humanos
  - Unidad de Informática
  - Unidad de Abastecimiento
  - Unidad de Presupuestos
  - Oficina de Partes y Archivo
- Fondo de Investigación Pesquera y de Acuicultura
- Fondo de Administración Pesquero
- Direcciones Zonales de Pesca y Acuicultura